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LncRNA2Target数据库有什么用

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lncRNA在基因表达调控中发挥重要作用，研究lncRNA调控的靶基因，有两种研究策略，一种是通过传统的实验手段分析lncRNA结合的蛋白质，从而确定lncRNA与蛋白编码基因的相互作用，常用的手段有以下几种

  1. immunoprecipitation assays

  2. RNA pull down assays

  3. luciferase reported assays

另外一种手段就是通过敲低或者过表达某个lncRNA, 然后检测处理前后差异表达的基因，将差异表达的基因作为该lncRNA的靶基因, 通过芯片或者高通量测序都可以。

LncRNA2Target数据库收集整理了已经发表的lncRNA靶基因数据，最新版本为v2.0, 网址如下

http://123.59.132.21/lncrna2target/index.jsp

涵盖了人和小鼠中的lncRNA靶基因，通过Browse菜单，可以查看对应的结果，示意如下

LncRNA2Target数据库有什么用

通过Search菜单，可以方便的检索数据库，示意如下

LncRNA2Target数据库有什么用

该数据库提供了下载功能，分别提供了传统实验和高通量两种手段分析的lncRNA靶基因文件，对应以下 两个文件

  1. lncRNA_target_from_low_throughput_experiments.xlsx

  2. lncRNA_target_from_high_throughput_experiments.txt

对于高通量数据，还给出了对应的GEO编号，表达谱数据和差异分析的结果，示意如下

LncRNA2Target数据库有什么用

通过该数据库，不仅可以查询lncRNA的靶基因信息，还学到了研究lncRNA靶基因的思路。

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