miRWalk是什么数据库
这篇文章主要为大家展示了“miRWalk是什么数据库”，内容简而易懂，条理清晰，希望能够帮助大家解决疑惑，下面让小编带领大家一起研究并学习一下“miRWalk是什么数据库”这篇文章吧。
创新互联2013年至今，是专业互联网技术服务公司，拥有项目做网站、网站设计网站策划，项目实施与项目整合能力。我们以让每一个梦想脱颖而出为使命，1280元清河做网站,已为上家服务,为清河各地企业和个人服务,联系电话:18980820575
miRWalk是一个综合性的miRNA靶基因数据库，收录了人，小鼠等多个物种的miRNA靶基因信息，和mirDIP类似，也是一个整合型数据库，整合了来自miRDB, TargetScan, miRTarBase等数据库中的信息，网址如下
http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/
该数据库中共包含以下5个物种的miRNA靶基因信息
human
mouse
rat
dog
cow
官网提供了两种检索功能
1. 一次检索一个miRNA/gene
检索框如下
对于miRNA, 支持mirBase数据库中的ID和编号，也支持miRNA family的名字。
对于Gene, 支持gene symbol, Entrez Id, Ensembl-ID等多种格式，也支持输入对应的转录本ID, 比如Refseq和Ensembl数据库中的转录本ID。
检索结果如下所示
页面非常简洁，只有一个结果下载的功能。
2. 一次检索多个miRNA/gene
检索框如下
支持一次检索多个miRNA或者Genes，适用于分析转录组数据得到的差异gene/miRNA对应的靶标信息，也支持按照pathways进行检索，适用于直接从功能角度研究某条通路下的靶标信息。
以Genes为例， 检索结果如下
最上方的下拉列表，可以对结果进行筛选，即可以筛选多个数据库中共有的靶基因信息，也支持根据结合区域所在位置和score值进行筛选。
除了结果导出外，还提供了miRNA和靶基因之间的调控网络可视化功能Graph和基因集富集功能GSEA。
对于Graph而言，结果示意如下
用黄色代表miRNA, 蓝色代表gene, 支持导出为SVG, PNG, JPG等格式。
对于GSEA而言，支持以下功能的富集分析
reactome pathway
kegg pathway
Gene ontology
结果示意如下
相比mirDIP, miRWalk提供的物种更多，而且调控网络的可视化和GSEA富集功能也非常的实用，但是由于整合的数据集较少，如果只是分析human中的miRNA靶基因信息，用mirDIP会更加全面一些。
以上是“miRWalk是什么数据库”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！相信大家都有了一定的了解，希望分享的内容对大家有所帮助，如果还想学习更多知识，欢迎关注创新互联行业资讯频道！
文章标题：miRWalk是什么数据库
新闻来源：http://ybzwz.com/article/jiphod.html
