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mSignatureDB是一个什么数据库

小编给大家分享一下mSignatureDB是一个什么数据库，相信大部分人都还不怎么了解，因此分享这篇文章给大家参考一下，希望大家阅读完这篇文章后大有收获，下面让我们一起去了解一下吧！

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mSignatureDB是一个肿瘤突变特征的数据库，以COSMIC数据库中收录的30种突变特征作为参照，分析了来自TCGA和ICGC中约15000多个肿瘤样本中这30种突变特征的构成。

数据库的网址如下

http://tardis.cgu.edu.tw/msignaturedb/Browse/

通过Browse菜单，可以查看肿瘤样本中30种突变特征的构成，分成了以下3个层次

  1. project

  2. primary site

  3. country

  4. sample

结果以气泡图的形式呈现， 鼠标点击可以看到每个特征的具体贡献率，示意如下

mSignatureDB是一个什么数据库

通过Search按钮，可以查看以下信息

1. summary

给出了对应的突变频谱，结果示意如下

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2. Ti/Tv

Transition/Transversion, 简称Ti/Tv, 表示置换/颠换比值， 结果示意如下

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3. 与临床数据的关联

将signature的构成作为每个肿瘤样本的特征，对样本进行聚类，并探究与临床信息的关系， 以肿瘤不同阶段为例，结果示意如下

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通过Analysis菜单，可以上传自己的体细胞突变数据，进行以下两种分析

  1. deconstructSigs，检测样本中30种 COSMIC refernce突变特征的构成

  2. WTSI Mutational Signature Framework,  利用和COSMIC相同的算法来识别mutation signatures, 本质上是通过调用mutSignatures这个R包来实现

通过该数据库不仅可以查看TCGA肿瘤样本中突变特征的构成，也可以对自己的数据进行突变特征的相关分析。

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文章名称：mSignatureDB是一个什么数据库
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