如何用R语言ggplot2画小提琴图
如何用R语言ggplot2画小提琴图,针对这个问题,这篇文章详细介绍了相对应的分析和解答,希望可以帮助更多想解决这个问题的小伙伴找到更简单易行的方法。
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今天推文的主要内容是介绍如何使用R语言绘制散点图并且添加拟合曲线和置信区间
补充材料Fig9 小提琴图

数据格式如下

需要示例数据可以直接在文末留言
df<-read.csv("Single_Cell/violineplot-1.csv",header=T)
colnames(df)
head(df)
library(ggplot2)
#help(package="ggplot2")
ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+
geom_violin()

去掉灰色背景 去掉网格线 添加坐标轴的线
ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+
geom_violin()+
theme(panel.grid = element_blank(),
panel.background = element_blank(),
axis.line = element_line())

ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+
geom_violin()+
theme(panel.grid = element_blank(),
panel.background = element_blank(),
axis.line = element_line(),
axis.text.x = element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5))

ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+
geom_violin()+
theme(panel.grid = element_blank(),
panel.background = element_blank(),
axis.line = element_line(),
axis.text.x = element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5),
plot.title = element_text(hjust=0.5))+
labs(x=NULL,
y=NULL,
title = "Complexity")

ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+
geom_violin(aes(fill=cell.type),show.legend = F)+
theme(panel.grid = element_blank(),
panel.background = element_blank(),
axis.line = element_line(),
axis.text.x = element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5),
plot.title = element_text(hjust=0.5))+
labs(x=NULL,
y=NULL,
title = "Complexity")

ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+
geom_violin(aes(fill=cell.type),show.legend = F)+
theme(panel.grid = element_blank(),
panel.background = element_blank(),
axis.line = element_line(),
axis.text.x = element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5),
plot.title = element_text(hjust=0.5))+
labs(x=NULL,
y=NULL,
title = "Complexity")+
geom_jitter(size=0.5)

这样的话论文中的图就复现出来了。上图叠加的散点图是矩形的,最近看到一个函数
geom_sina()
可以让散点图也以小提琴的形状显示,我们试一下用这个函数的效果,这个函数来自ggforce这个包,使用前需要先加载
library(ggforce)
ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+
geom_violin(aes(fill=cell.type),show.legend = F)+
theme(panel.grid = element_blank(),
panel.background = element_blank(),
axis.line = element_line(),
axis.text.x = element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5),
plot.title = element_text(hjust=0.5))+
labs(x=NULL,
y=NULL,
title = "Complexity")+
geom_sina(size=0.1,alpha=0.2)

这样看起来比论文中的图好像好看一点
关于如何用R语言ggplot2画小提琴图问题的解答就分享到这里了,希望以上内容可以对大家有一定的帮助,如果你还有很多疑惑没有解开,可以关注创新互联行业资讯频道了解更多相关知识。
标题名称:如何用R语言ggplot2画小提琴图
标题网址:http://ybzwz.com/article/igpcio.html