Linux文本操作常用命令

在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：

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通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）

接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：

参数的用法介绍：

注意事项：

用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出

zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看

结合 管道符| 使用

head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。

less命令用得最多 ，more命令用得比较少

3.1 less命令

less [参数] 文件名

less命令重要的补充用法1 ：

需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键

less命令重要的补充用法2 ：

参数用法：

less命令 不加参数 查看文件：

less命令加 -N参数 查看文件：显示行号

less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整

对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n

3.2 more命令

**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好

查看压缩文件

wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。

常见参数:

切记：用less命令，按q退出

cut命令是按关键词来切的

常见参数:

排列前：

排列后：

解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。

命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。

uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。

uniq命令通常和sort命令搭配使用

换其它文件试试

总之，uniq命令使用时经常和sort一起

常见参数:

常见用法1：

paste file1 file2

-s :按行合并 演示

常见用法2 : paste - -

常见参数:

要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)

1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc

2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容

3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列

4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计

5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符

补充小知识 ：

清屏 ：control L

查看历史（输入过的）命令 ：history

Linux命令有哪些

Linux运维人员必会的120个命令

来自《跟老男孩学Linux运维：核心系统命令实战》一书

前言

第1章 Linux命令行简介 / 1

1.1Linux命令行概述 / 1

1.2在Linux命令行下查看命令帮助 / 4

1.3Linux shutdown reboot halt / 9

关机：

shutdown -h now

halt

init 0

第2章 文件和目录操作命令 / 13

2.1pwd：显示当前所在的位置 / 13

2.2cd：切换目录 / 16

2.3tree：以树形结构显示目录下的内容 / 18

2.4mkdir：创建目录 / 22

2.5touch：创建空文件或改变文件的时间戳属性 / 27

2.6ls：显示目录下的内容及相关属性信息 / 30

2.7cp：复制文件或目录 / 39

2.8mv：移动或重命名文件 / 42

2.9rm：删除文件或目录 / 45

2.10rmdir：删除空目录 / 48

2.11ln：硬链接与软链接 / 49

2.12readlink：查看符号链接文件的内容 / 54

2.13find：查找目录下的文件 / 55

2.14xargs：将标准输入转换成命令行参数 / 68

2.15rename：重命名文件 / 71

2.16basename：显示文件名或目录名 / 72

2.17dirname：显示文件或目录路径 / 72

2.18chattr：改变文件的扩展属性 / 73

2.19lsattr：查看文件扩展属性 / 75

2.20file：显示文件的类型 / 76

2.21md5sum：计算和校验文件的MD5值 / 77

2.22chown：改变文件或目录的用户和用户组 / 80

2.23chmod：改变文件或目录权限 / 81

2.24chgrp：更改文件用户组 / 85

2.25umask：显示或设置权限掩码 / 86

2.26老男孩从新手成为技术大牛的心法 / 90

第3章 文件过滤及内容编辑处理命令 / 91

3.1cat：合并文件或查看文件内容 / 91

3.2tac：反向显示文件内容 / 103

3.3more：分页显示文件内容 / 104

3.4less：分页显示文件内容 / 107

3.5head：显示文件内容头部 / 109

3.6tail：显示文件内容尾部 / 111

3.7tailf：跟踪日志文件 / 114

3.8cut：从文本中提取一段文字并输出 / 115

3.9split：分割文件 / 117

3.10paste：合并文件 / 118

3.11sort：文本排序 / 123

3.12join：按两个文件的相同字段合并 / 127

3.13uniq：去除重复行 / 129

3.14wc：统计文件的行数、单词数或字节数 / 131

3.15iconv：转换文件的编码格式 / 133

3.16dos2unix：将DOS格式文件转换成UNIX格式 / 134

3.17diff：比较两个文件的不同 / 135

3.18vimdiff：可视化比较工具 / 138

3.19rev：反向输出文件内容 / 139

3.20tr：替换或删除字符 / 140

3.21od：按不同进制显示文件 / 143

3.22tee：多重定向 / 145

3.23vi/vim：纯文本编辑器 / 147

3.24老男孩逆袭思想：做Linux运维的多个好处 / 152

第4章 文本处理三剑客 / 153

4.1grep：文本过滤工具 / 153

4.2sed：字符流编辑器 / 159

4.3awk基础入门 / 165

第5章 Linux信息显示与搜索文件命令 / 176

5.1uname：显示系统信息 / 176

5.2hostname：显示或设置系统的主机名 / 178

5.3dmesg：系统启动异常诊断 / 179

5.4stat：显示文件或文件系统状态 / 181

5.5du：统计磁盘空间使用情况 / 183

5.6date：显示与设置系统时间 / 186

5.7echo：显示一行文本 / 190

5.8watch：监视命令执行情况 / 193

5.9which：显示命令的全路径 / 195

5.10whereis：显示命令及其相关文件全路径 / 196

5.11locate：快速定位文件路径 / 197

5.12updatedb：更新mlocate数据库 / 199

5.13老男孩逆袭思想：新手在工作中如何问问题不会被鄙视 / 200

第6章 文件备份与压缩命令 / 201

6.1tar：打包备份 / 201

6.2gzip：压缩或解压文件 / 208

6.3zip：打包和压缩文件 / 211

6.4unzip：解压zip文件 / 212

6.5scp：远程文件复制 / 214

6.6rsync：文件同步工具 / 216

6.7老男孩逆袭思想：新手如何高效地提问 / 220

第7章 Linux用户管理及用户信息查询命令 / 222

7.1 useradd：创建用户 / 222

7.2usermod：修改用户信息 / 227

7.3userdel：删除用户 / 229

7.4groupadd：创建新的用户组 / 230

7.5groupdel：删除用户组 / 231

7.6passwd：修改用户密码 / 232

7.7chage:修改用户密码有效期 / 237

7.8chpasswd：批量更新用户密码 / 238

7.9su：切换用户 / 240

7.10visudo：编辑sudoers文件 / 242

7.11sudo：以另一个用户身份执行命令 / 244

7.12id：显示用户与用户组的信息 / 248

7.13w：显示已登录用户信息 / 249

7.14who：显示已登录用户信息 / 250

7.15users：显示已登录用户 / 252

7.16whoami：显示当前登录的用户名 / 253

7.17last：显示用户登录列表 / 253

7.18lastb：显示用户登录失败的记录 / 254

7.19lastlog：显示所有用户的最近登录记录 / 255

第8章 Linux磁盘与文件系统管理命令 / 257

8.1fdisk：磁盘分区工具 / 257

8.2partprobe：更新内核的硬盘分区表信息 / 265

8.3tune2fs：调整ext2/ext3/ext4文件系统参数 / 266

8.4parted：磁盘分区工具 / 268

8.5mkfs：创建Linux文件系统 / 272

8.6dumpe2fs：导出ext2/ext3/ext4文件系统信息 / 274

8.7resize2fs：调整ext2/ext3/ext4文件系统大小 / 275

8.8fsck：检查并修复Linux文件系统 / 278

8.9dd：转换或复制文件 / 281

8.10mount：挂载文件系统 / 284

8.11umount：卸载文件系统 / 288

8.12df：报告文件系统磁盘空间的使用情况 / 289

8.13mkswap：创建交换分区 / 293

8.14swapon：激活交换分区 / 294

8.15swapoff：关闭交换分区 / 295

8.16sync：刷新文件系统缓冲区 / 296

第9章 Linux进程管理命令 / 298

9.1ps：查看进程 / 298

9.2pstree：显示进程状态树 / 305

9.3pgrep：查找匹配条件的进程 / 306

9.4kill：终止进程 / 307

9.5killall：通过进程名终止进程 / 310

9.6pkill：通过进程名终止进程 / 311

9.7top：实时显示系统中各个进程的资源占用状况 / 313

9.8nice：调整程序运行时的优先级 / 320

9.9renice：调整运行中的进程的优先级 / 323

9.10nohup：用户退出系统进程继续工作 / 324

9.11strace：跟踪进程的系统调用 / 325

9.12ltrace：跟踪进程调用库函数 / 332

9.13runlevel：输出当前运行级别 / 334

9.14init：初始化Linux进程 / 335

9.15service：管理系统服务 / 335

第10章 Linux网络管理命令 / 338

10.1ifconfig：配置或显示网络接口信息 / 338

10.2ifup：激活网络接口 / 343

ifup eth0

10.3ifdown：禁用网络接口 / 343

ifdown eth0

service network restart（/etc/init.d/network restart） 激活整个网络，所有网卡。

10.4route：显示或管理路由表 / 344

10.5arp：管理系统的arp缓存 / 350

10.6ip：网络配置工具 / 351

10.7netstat：查看网络状态 / 358

10.8ss：查看网络状态 / 362

10.9ping：测试主机之间网络的连通性 / 363

10.10traceroute：追踪数据传输路由状况 / 366

10.11arping：发送arp请求 / 367

10.12telnet：远程登录主机 / 369

10.13nc：多功能网络工具 / 370

10.14ssh：安全地远程登录主机 / 373

10.15wget：命令行下载工具 / 376

10.16mailq：显示邮件传输队列 / 379

10.17mail：发送和接收邮件 / 381

10.18nslookup：域名查询工具 / 386

10.19dig：域名查询工具 / 389

10.20host：域名查询工具 / 393

10.21nmap：网络探测工具和安全/端口扫描器 / 394

10.22tcpdump：监听网络流量 / 398

第11章 Linux系统管理命令 / 407

11.1lsof：查看进程打开的文件 / 407

11.2uptime：显示系统的运行时间及负载 / 411

11.3free：查看系统内存信息 / 411

11.4iftop：动态显示网络接口流量信息 / 413

11.5vmstat：虚拟内存统计 / 415

11.6mpstat：CPU信息统计 / 419

11.7iostat：I/O信息统计 / 420

11.8iotop：动态显示磁盘I/O统计信息 / 423

11.9sar：收集系统信息 / 425

11.10chkconfig：管理开机服务 / 430

11.11ntsysv：管理开机服务 / 433

11.12 setup：系统管理工具 / 434

11.13ethtool：查询网卡参数 / 436

11.14mii-tool：管理网络接口的状态 / 437

11.19rpm：RPM包管理器 / 443

11.20yum：自动化RPM包管理工具 / 446

top命令

第12章 Linux系统常用内置命令 / 450

12.1Linux内置命令概述 / 450

12.2Linux内置命令简介 / 450

12.3Linux常用内置命令实例 / 452

实训第二天内容总结（Linux常用命令及使用）

1、目录切换命令

cd usr/ 切换到该目录下usr目录

cd ../ 切换到上一层目录

cd /切换到系统根目录

cd ~ 切换到用户主目录

2、目录操作命令

（1）增加目录

命令：mkdir 目录名称

（2）查看目录

   ls [-al] 父目录   ls -l 可以缩写成ll

      （3）寻找目录

   find 目录 参数（重点）

   注意这里涉及权限问题，需要先切换到root目录 su root

        （4）修改目录名称

   mv 目录名称 新目录名称

        （5）拷贝目录

   cp -r 被目录名称 目录拷贝的目标位置 -----r代表                          递归拷贝

   将/usr下的newTest拷贝到根目录下的test中，使用cp -r                 /usr/newTest test/rm

        （6）删除目录

   rm [-rf] 目录

   删除/usr下的newTest，进入/usr下使用rm -r newTest

3、文件操作命令

        （1）文件创建  touch 文件名称 ----- 空文件

        （2）文件查看    cat/more/less/tail 文件

        （3）修改文件内容    vim 文件

    vim 文件------进入文件-----命令模式------按i进入编                     辑模式-----编辑文件 -------按Esc进入底行模式-----                      输入:wq/q!

        （4）删除文件

   熟记 rm -rf 文件 即可

4、压缩文件操作命令

           （1）tar -zcvf 打包压缩后的文件名 要打包压缩的文件

   z：调用gzip压缩命令进行压缩

c：打包文件

v：显示运行过程

f：指定文件名

        （2） 解压压缩包（重点）

   tar [-xvf] 压缩文件

5、其他命令

        （1）显示当前所在位置    pwd

        （2）搜索命令    grep 要搜索的字符串 要搜索的文件

        （3）管道命令 | 将前一个命令的输出作为本次目录的                      输入

        （4）查看进程     ps -ef

        （5）网络通信命令    查看当前系统的网卡信息：ifconfig

  查看与某台机器的连接情况：ping

        （6）查看当前系统的端口使用 netstat –an,通常和 |                 grep一起使用

6、Linux的权限命令

   在随意某个目录下ls -l  查看某个目录下的文件或目录                    的权限 rwx 读取权 写入权 执行权 

         这个字符串有10位，可以分为4段来解读

第一段(第1位)表示是目录还是文件，-表示是文件，d表示是目录；

第二段(第2-4位，共3个字符串)表示文件所属用户对它的权限 - 属主权限（User）；

第三段(第5-7位，共3个字符串)表示文件所属用户组用户对它的权限 - 属组权限（Group）；

第四段(第8-10位，共3个字符串)表示其他用户对它的权限 - 其他权限（other）；

注意：①我们用3位8进制来表示文件的权限，r(read)用4标识，w(write)用2标识，x(excute)用1标识

②r–可读，w–可写，x–可执行。

③每一段的三位顺序不可变，如果没有对应的权限，则使用-表示

上图中的-rwxrw-r–可以用八进制数字764表示。

！！！！修改文件/目录的权限的命令：chmod

chmod u=rwx,g=rw,o=r aaa.txt 或者777 代表全部权限

7、 free查看内存信息

df -h 命令用于显示目前在 Linux 系统上的文件系统磁盘使用情况统计

8、top查看资源信息（CPU）

top

补充：

关机命令

reboot  重新启动操作系统

shutdown -h now 立刻关机，其中now相当于时间为0的状态

shutdown -h 10：23

shutdown -h +10  系统再过十分钟后自动关机

Linux命令

目录操作

    cd usr/                            切换到该目录下usr目录

    cd ..                                切换到上一层目录

    cd /                                切换到系统根目录

    mkdir 目录名称              创建目录

    ls      目录名称                查询该目录下所有的目录和文件

    ls [-a]  目录名称              查询该目录下所有的目录和文件,包含隐藏文件

    ls [-l]  目录名称              查询该目录下所有的目录和文件的详细信息

    find / -name 目录名称    查找/root下的目录(文件)

    mv 目录名称 新目录名称  修改目录名称

    mv 目录名称 目录的新位置      剪切

    cp -r 目录名称 目录的目标位置  拷贝

    rm -rf  目录                  强制删除目录

文件操作

    touch 文件名称            创建空文件

    cat/more/less/tail 文件  查看文件内容

    tail -f 文件                  动态查看/实时查看文件(日志)

    grep 要搜索的字符串 要搜索的文件                关键字搜索

    vi/vim  文件                修改文件内容

    rm -rf 文件                强制删除文件

文件的打包

    tar -zcvf 文件名.tar  要打包的文件

文件的解压 

    tar -xvf 文件名.tar

扩充:将文件解压到固定位置

    tar -xvf 文件名.tar -C 指定解压的位置

查询当前所在位置

    pwd     

查看进程

    ps -ef | grep 进程名称(tomcat/mysql)

杀死进程

    kill -9 进程pid

查看端口号

    netstat -an | grep 端口号(3306)

查看服务器ip

    ifconfig

查看网络是否能正常使用

    ping 外网地址            查看是否能访问外网

    ping 内网ip                查看是否能访问内网

权限命令

    chmod 777 文件        赋权

查看cpu

    top

查看磁盘信息

    df -h

查看内存信息

    free   

关机命令

    shutdown -h now  立刻关机，其中now相当于时间为0的状态

    shutdown -h 10：23

    shutdown -h +10    系统再过十分钟后自动关机

重新启动

    reboot    重新启动操作系统

Linux常用的九个高级命令

top命令是Linux下常用的性能分析工具，能够实时显示系统中各个进程的资源占用状况

iostat工具将对系统的磁盘操作活动进行监视。它的特点是汇报磁盘活动统计情况，同时也会汇报出CPU使用情况。

Netstat 命令用于显示各种网络相关信息，如网络连接，路由表，接口状态 (Interface Statistics)，masquerade 连接，多播成员 (Multicast Memberships) 等等。

Linux df（英文全拼：disk free） 命令用于显示目前在 Linux 系统上的文件系统磁盘使用情况统计。

find命令用来在指定目录下查找文件。任何位于参数之前的字符串都将被视为欲查找的目录名。如果使用该命令时，不设置任何参数，则 find 命令将在当前目录下查找子目录与文件。并且将查找到的子目录和文件全部进行显示。

crontab是用来定期执行程序的命令。

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