Linux文本操作常用命令

在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：

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通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）

接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：

参数的用法介绍：

注意事项：

用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出

zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看

结合 管道符| 使用

head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。

less命令用得最多 ，more命令用得比较少

3.1 less命令

less [参数] 文件名

less命令重要的补充用法1 ：

需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键

less命令重要的补充用法2 ：

参数用法：

less命令 不加参数 查看文件：

less命令加 -N参数 查看文件：显示行号

less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整

对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n

3.2 more命令

**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好

查看压缩文件

wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。

常见参数:

切记：用less命令，按q退出

cut命令是按关键词来切的

常见参数:

排列前：

排列后：

解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。

命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。

uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。

uniq命令通常和sort命令搭配使用

换其它文件试试

总之，uniq命令使用时经常和sort一起

常见参数:

常见用法1：

paste file1 file2

-s :按行合并 演示

常见用法2 : paste - -

常见参数:

要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)

1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc

2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容

3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列

4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计

5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符

补充小知识 ：

清屏 ：control L

查看历史（输入过的）命令 ：history

LINUX删掉换行符

去掉文件中的换行符

(1)tr命令的操作是针对文件的操作,它把整个文本当做操作的对象,所以可以直接去除文件中的换行符

tr '\n' ' ' file

(2)sed的操作对象是行.而作为行分割符号的回车符,本身是不属于行的.所以sed中必须加上N命令,把下一行的内容添加到当前的pattern space中,这样实际上是把相邻的2行合并了.下一次仍然是先n,再p,再N,开始新的轮回:

cat file | sed 'N;s/\n/ /'

所以上面的语句是不能把文件内容合并为一行的,到底该怎么写,我暂时没有想到,呵呵

(3)直接用awk

awk '{printf("%s ",$0)}' file

(4)当然,用echo也是可以的:

while read line;do echo -n "$line"; done awk_help.txt, 这样,可以把awk_help.txt的内容合并为一行

sed -e "s#\[/r][/r][/n]#\[/r][/n]#g" file

linux 查看文件时让其不自动换行

指令代码：set nowrap

详解：我们在linux服务起上多用vim查看文件，常有这行的情况，我们的解决办法有两个，即，

在编辑模式下 :set nowrap

修改配置文件~/.vimrc set nowrap

拓展：

syntax on " 自动语法高亮

"set number " 显示行号

"set cursorline " 突出显示当前行

set shiftwidth=4 " 设定 和 命令移动时的宽度为 4

set softtabstop=4 " 使得按退格键时可以一次删掉 4 个空格

set tabstop=4 " 设定 tab 长度为 4

网页名称：linux命令不换行符,linux命令行换行符
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