Linux重定向

输出重定向 ：

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我们使用 或者 对输出进行重定向。 符号的左边表示文件描述符，如果没有的话表示1，也就是标准输出， 符号的右边可以是一个文件，也可以是一个输出设备（Linux中万物皆文件，即设备也是文件）。当使用时，会判断右边的文件存不存在，如果存在的话就先删除，然后创建一个新的文件，不存在的话则直接创建。但是当使用进行追加时，则不会删除原来已经存在的文件。

格式 ：

command-line [n] 文件

这条命令意思是：将一条命令执行结果（标准输出，或者错误输出，本来都要打印到屏幕上面的） 重定向其它输出设备（文件）1,2分别是标准输出，错误输出。

实例 ：

输入重定向

在理解了输出重定向之后，理解输入重定向就会容易得多。对输入重定向的基本命令如下：

我们使用 对输入做重定向， 如果符号左边没有写值，那么默认就是0。

格式：

command-line [n] 文件

命令默认从键盘获得的输入，使用输入重定向改成从文件，或者其它打开文件以及设备输入。执行这个命令，将标准输入0，与文件或设备绑定，将由它进行输入。

实例：

文件描述符的复制表示复制文件描述符到另一个文件描述符中，也就是将该文件描述符重定向到另一个文件描述符所绑定的文件，使用””进行复制。

想必很多人都知道 file 21 的作用，它等价于 file ，表示标准输出和标准错误都重定向到file中。那它和 21 file 有什么区别呢？

首先解释 file 21 。这里分两个过程：先打开file，再将fd=1重定向到file文件上，这样file文件就成了标准输出的输出目标；之后再将fd=2复制于fd=1，而fd=1此时已经重定向到file文件上，因此fd=2也重定向到file上。所以，最终的结果是标准输出重定向到file上，标准错误也重定向到file上。

再解释 21 file 。这里也分两个过程：先将fd=2复制于fd=1，而此时fd=1重定向的文件是默认的/dev/stdout，所以fd=2也重定向到/dev/stdout；之后再将fd=1重定向到file文件上。也就是说，这里的标准错误和标准输出仍然是分开输出的，只不过是使用/dev/stdout替代了/dev/stderr，使用file替代了/dev/stdout。所以，最终的结果是标准错误输出到/dev/stdout，即屏幕上，而标准输出将输出到file文件中。

可以使用下面的命令来测试 21 file 。第一个ls命令是正确的，结果输出到/tmp/fff.log中，第二个ls命令是错误的，结果将直接输出到屏幕上。

最后需要说明的是一种特殊情况，如果是 [word] ，且word不是一个数值，比如 echo haha /tmp/fff.log ，那么 word 和 word 是等价的，都表示 word 21 ，即标准错误和标准输出都重定向同一个目标。参考man bash的”Redirecting Standard Output and Standard Error”段落。

如果在命令中直接改变重定向的位置，那么命令执行结束的时候描述符会自动还原。正如上面的ls /boot 21 /tmp/fff.log命令，在ls执行结束后，fd=2还原回默认的/dev/stderr，fd=1还原回默认的/dev/stdout。

但是我们可以通过exec程序直接在当前的shell环境下改变重定向目标，只有在当前shell退出的时候才会释放描述符的绑定。

Tips :shell的内建命令exec将并不启动新的shell，而是用要被执行命令替换当前的shell进程，并且将老进程的环境清理掉，而且exec命令后的其它命令将不再执行。

不过，要注意一个例外，当exec命令来对文件描述符操作的时候，就不会替换shell，而且操作完成后，还会继续执行接下来的命令。

例如：下面的命令将标准错误fd=2指向fd=3对应的文件上。

因此，我们可能在一段程序执行结束后，需要将描述符还原到原来的位置，并关闭不再需要的描述符。毕竟描述符也是资源，是有限的(ulimit -n)。

[n] filename ：打开filename，并指定其文件描述符为n，该描述符是可读、可写的描述符。若不指定n则默认为0，若filename文件不存在，则先创建filename文件。

文件描述符的移动表示将文件描述符1移动到描述符2上，同时关闭文件描述符1。

[n]digit- ：将文件描述符digit代表的输出文件移动到n上，并关闭digit值的描述符。

[n]digit- ：将文件描述符digit代表的输入文件移动到n上，并关闭digit值的描述符。

&1'>Linux 重定向符号以及2>&1

一个进程默认会打开标准输入、标准输出、错误输出三个文件描述符

文件描述符为0，小于号表示数据由文件流入命令

usage:

命令 file

#加入输入重定向，对输入文件进行计数

wc -l /etc/passwd

文件描述符为1,大于号表述数据由命令流入文件

所以： echo "hello" t.log 也可以写成 echo "hello" 1 t.log

会把文件的内容清空，再输入到新的文件

会把当前内容保持不变，然后在下一行进行追加

2 错误重定向，如果当前命令产生了错误，会把错误重定向到文件中，而不会打印到屏幕

无论内容正确还是错误都会把文件输出到文件中。

stderr的文件描述符为2，Unix程序会向stderr流中写入错误信息。

默认情况下， command file 将stdout 重定向到 file， command file 将stdin 重定向到 file。

如果希望 stderr 重定向到 file，可以这样写：

$ command 2file

如果希望 stderr 追加到 file 文件末尾，可以这样写：

$ command 2file 2 表示标准错误文件(stderr)

如果希望将 stdout 和 stderr 合并后重定向到 file，可以这样写：

$ command file 21 或者 $ command file 21

如果希望对 stdin 和 stdout 都重定向，可以这样写：

$ command file1 file2

command 命令将 stdin 重定向到 file1，将 stdout 重定向到 file2。

含义：将标准错误输出 重定向到 标准输出。

符号是一个整体，不可分开，分开后就不是上述含义了。

比如有些人可能会这么想：2是标准错误输入，1是标准输出，是重定向符号，那么"将标准错误输出重定向到标准输出"是不是就应该写成"21"就行了？是这样吗？ 如果是尝试过，你就知道21的写法其实是将标准错误输出重定向到名为"1"的文件里去了

Linux文本操作常用命令

在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：

通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）

接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：

参数的用法介绍：

注意事项：

用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出

zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看

结合 管道符| 使用

head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。

less命令用得最多 ，more命令用得比较少

3.1 less命令

less [参数] 文件名

less命令重要的补充用法1 ：

需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键

less命令重要的补充用法2 ：

参数用法：

less命令 不加参数 查看文件：

less命令加 -N参数 查看文件：显示行号

less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整

对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n

3.2 more命令

**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好

查看压缩文件

wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。

常见参数:

切记：用less命令，按q退出

cut命令是按关键词来切的

常见参数:

排列前：

排列后：

解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。

命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。

uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。

uniq命令通常和sort命令搭配使用

换其它文件试试

总之，uniq命令使用时经常和sort一起

常见参数:

常见用法1：

paste file1 file2

-s :按行合并 演示

常见用法2 : paste - -

常见参数:

要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)

1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc

2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容

3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列

4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计

5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符

补充小知识 ：

清屏 ：control L

查看历史（输入过的）命令 ：history

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