Linux编程基础知识进阶篇（指令）

linux常用的语言就是shell和python，首先我们得先了解语言的概念

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-EOF

EOF

编写一个简单的bash档如下：

我们可以看到用./执行bash档时，没有进入到/home目录下，这种我们称为 在子shell中执行 ，其不影响当前shell的状况（有时候执行成功没有效果的原因）。但是无论是. 执行还是source执行我们都成功进入了home路径下，这我们称之为 在当前shell执行

su nologinshell 不加载用户的shell

su - loginshell 加载用户的shell

可以很明显的看出来，当用不加载用户的shell加载用户时，是不会具有当前加载用户的权限的，很像windows中的游客模式

history历史记录缓存

~/.bash_history退出后写入缓存

~/.bash_logout退出后执行

在这一层，顺带按图索骥，理解一下linux系统开机的历程。红字：系统层开机/切换用户历程；蓝字：用户层开机/切换用户历程；黄字：用户层关机历程。

曾经玩过一个游戏：在用户指令关机时，会有一辆小火车开过，所以我们可以把调用小火车开过的程式调用写在？

1、命令和文件的自动补齐 shift

2、命令的历史记忆功能：上下键、!number 执行第多少条命令、

!string 找到最近以string开头的命令、! 上一个命令最后的参数、

!! 执行上一个命令、^R 搜索历史命令

3、别名功能：alias 查看别名、unalias 取消别名、(命名前加\斜线跳过别名)

alias xx=’xx’ 定义临时别名、vim ~/.bashrc 定义永久别名

4.快捷键：^D 退出、^A 光标移动到命令最前、^E 光标移动到命令最后、

^L 清屏、^U 往前的删掉、^K 往后的删掉、^Y 撤销、^M 回车

^S 锁屏、^Q 解除锁屏

5.前后台作业控制： 后台不保留、nohup 后台保留、screen

; || （命令返回值echo ?）

*任意多个字符

?任意一个字符

[]匹配括号内任意一个字符

()在子shell中执行

{}集合

\转义字符

注意点:echo -e “a\tb”

$? 前一条命令的执行成功与否

$1 传入的第一个参数 $2 $3 位置变量

没有使用环境变量的必要性

练习内容：读取用户指定文档的ip连通性

bc计算器

假设我们定义了一个变量为：

记忆的方法为：

利用${ } 还可针对不同的变数状态赋值(没设定、空值、非空值)：

基本linux命令

基本linux命令有哪些呢？

1、ls命令

就是 list 的缩写，通过 ls 命令不仅可以查看 linux 文件夹包含的文件，而且可以查看文件权限(包括目录、文件夹、文件权限)查看目录信息等等。

常用参数搭配：

ls -a 列出目录所有文件，包含以.开始的隐藏文件

ls -A 列出除.及..的其它文件

ls -r 反序排列

ls -t 以文件修改时间排序

ls -S 以文件大小排序

ls -h 以易读大小显示

ls -l 除了文件名之外，还将文件的权限、所有者、文件大小等信息详细列出来

实例：

(1) 按易读方式按时间反序排序，并显示文件详细信息

ls -lhrt

(2) 按大小反序显示文件详细信息

ls -lrS

(3)列出当前目录中所有以"t"开头的目录的详细内容

ls -l t*

(4) 列出文件绝对路径（不包含隐藏文件）

ls | sed "s:^:`pwd`/:"

(5) 列出文件绝对路径（包含隐藏文件）

find $pwd -maxdepth 1 | xargs ls -ld

2、cd 命令

cd(changeDirectory) 命令语法：

cd [目录名]

说明：切换当前目录至 dirName。

实例：

（1）进入要目录

cd /

（2）进入 "home" 目录

cd ~

（3）进入上一次工作路径

cd -

（4）把上个命令的参数作为cd参数使用。

cd !$

3、pwd 命令

pwd 命令用于查看当前工作目录路径。

实例：

（1）查看当前路径

pwd

（2）查看软链接的实际路径

pwd -P

4、mkdir 命令

mkdir 命令用于创建文件夹。

可用选项：

-m: 对新建目录设置存取权限，也可以用 chmod 命令设置;

-p: 可以是一个路径名称。此时若路径中的某些目录尚不存在,加上此选项后，系统将自动建立好那些尚不在的目录，即一次可以建立多个目录。

实例：

（1）当前工作目录下创建名为 t的文件夹

mkdir t

（2）在 tmp 目录下创建路径为 test/t1/t 的目录，若不存在，则创建：

mkdir -p /tmp/test/t1/t

5、rm 命令

删除一个目录中的一个或多个文件或目录，如果没有使用 -r 选项，则 rm 不会删除目录。如果使用 rm 来删除文件，通常仍可以将该文件恢复原状。

rm [选项] 文件…

实例：

（1）删除任何 .log 文件，删除前逐一询问确认：

rm -i *.log

（2）删除 test 子目录及子目录中所有档案删除，并且不用一一确认：

rm -rf test

（3）删除以 -f 开头的文件

rm -- -f*

6、rmdir 命令

从一个目录中删除一个或多个子目录项，删除某目录时也必须具有对其父目录的写权限。

注意：不能删除非空目录

实例：

（1）当 parent 子目录被删除后使它也成为空目录的话，则顺便一并删除：

rmdir -p parent/child/child11

7、mv 命令

移动文件或修改文件名，根据第二参数类型（如目录，则移动文件；如为文件则重命令该文件）。

当第二个参数为目录时，第一个参数可以是多个以空格分隔的文件或目录，然后移动第一个参数指定的多个文件到第二个参数指定的目录中。

实例：

（1）将文件 test.log 重命名为 test1.txt

mv test.log test1.txt

（2）将文件 log1.txt,log2.txt,log3.txt 移动到根的 test3 目录中

mv llog1.txt log2.txt log3.txt /test3

（3）将文件 file1 改名为 file2，如果 file2 已经存在，则询问是否覆盖

mv -i log1.txt log2.txt

（4）移动当前文件夹下的所有文件到上一级目录

mv * ../

8、cp 命令

将源文件复制至目标文件，或将多个源文件复制至目标目录。

注意：命令行复制，如果目标文件已经存在会提示是否覆盖，而在 shell 脚本中，如果不加 -i 参数，则不会提示，而是直接覆盖！

-i 提示

-r 复制目录及目录内所有项目

-a 复制的文件与原文件时间一样

实例：

（1）复制 a.txt 到 test 目录下，保持原文件时间，如果原文件存在提示是否覆盖。

cp -ai a.txt test

（2）为 a.txt 建议一个链接（快捷方式）

cp -s a.txt link_a.txt

9、cat 命令

cat 主要有三大功能：

1.一次显示整个文件:

cat filename

2.从键盘创建一个文件:

cat filename

只能创建新文件，不能编辑已有文件。

3.将几个文件合并为一个文件:

cat file1 file2 file

-b 对非空输出行号

-n 输出所有行号

实例：

（1）把 log2012.log 的文件内容加上行号后输入 log2013.log 这个文件里

cat -n log2012.log log2013.log

（2）把 log2012.log 和 log2013.log 的文件内容加上行号（空白行不加）之后将内容附加到 log.log 里

cat -b log2012.log log2013.log log.log

（3）使用 here doc 生成新文件

cat log.txt EOF

Hello

World

PWD=$(pwd)

EOF

ls -l log.txt

cat log.txt

Hello

World

PWD=/opt/soft/test

（4）反向列示

tac log.txt

PWD=/opt/soft/test

World

Hello

10、more 命令

功能类似于 cat, more 会以一页一页的显示方便使用者逐页阅读，而最基本的指令就是按空白键（space）就往下一页显示，按 b 键就会往回（back）一页显示。

命令参数：

+n 从笫 n 行开始显示

-n 定义屏幕大小为n行

+/pattern 在每个档案显示前搜寻该字串（pattern），然后从该字串前两行之后开始显示

-c 从顶部清屏，然后显示

-d 提示“Press space to continue，’q’ to quit（按空格键继续，按q键退出）”，禁用响铃功能

-l 忽略Ctrl+l（换页）字符

-p 通过清除窗口而不是滚屏来对文件进行换页，与-c选项相似

-s 把连续的多个空行显示为一行

-u 把文件内容中的下画线去掉

常用操作命令：

Enter 向下 n 行，需要定义。默认为 1 行

Ctrl+F 向下滚动一屏

空格键 向下滚动一屏

Ctrl+B 返回上一屏

= 输出当前行的行号

:f 输出文件名和当前行的行号

V 调用vi编辑器

!命令 调用Shell，并执行命令

q 退出more

实例：

（1）显示文件中从第3行起的内容

more +3 text.txt

（2）在所列出文件目录详细信息，借助管道使每次显示 5 行

ls -l | more -5

按空格显示下 5 行。

11、less 命令

less 与 more 类似，但使用 less 可以随意浏览文件，而 more 仅能向前移动，却不能向后移动，而且 less 在查看之前不会加载整个文件。

常用命令参数：

-i 忽略搜索时的大小写

-N 显示每行的行号

-o 文件名 将less 输出的内容在指定文件中保存起来

-s 显示连续空行为一行

/字符串：向下搜索“字符串”的功能

?字符串：向上搜索“字符串”的功能

n：重复前一个搜索（与 / 或 ? 有关）

N：反向重复前一个搜索（与 / 或 ? 有关）

-x 数字 将“tab”键显示为规定的数字空格

b 向后翻一页

d 向后翻半页

h 显示帮助界面

Q 退出less 命令

u 向前滚动半页

y 向前滚动一行

空格键 滚动一行

回车键 滚动一页

[pagedown]： 向下翻动一页

[pageup]： 向上翻动一页

实例：

（1）ps 查看进程信息并通过 less 分页显示

ps -aux | less -N

（2）查看多个文件

less 1.log 2.log

可以使用 n 查看下一个，使用 p 查看前一个。

12、head 命令

head 用来显示档案的开头至标准输出中，默认 head 命令打印其相应文件的开头 10 行。

常用参数：

-n行数 显示的行数（行数为复数表示从最后向前数）

实例：

（1）显示 1.log 文件中前 20 行

head 1.log -n 20

（2）显示 1.log 文件前 20 字节

head -c 20 log2014.log

（3）显示 t.log最后 10 行

head -n -10 t.log

13、tail 命令

用于显示指定文件末尾内容，不指定文件时，作为输入信息进行处理。常用查看日志文件。

常用参数：

-f 循环读取（常用于查看递增的日志文件）

-n行数 显示行数（从后向前）

（1）循环读取逐渐增加的文件内容

ping 127.0.0.1 ping.log

后台运行：可使用 jobs -l 查看，也可使用 fg 将其移到前台运行。

tail -f ping.log

（查看日志）

14、which 命令

在 linux 要查找某个文件，但不知道放在哪里了，可以使用下面的一些命令来搜索：

which 查看可执行文件的位置。

whereis 查看文件的位置。

locate 配合数据库查看文件位置。

find 实际搜寻硬盘查询文件名称。

which 是在 PATH 就是指定的路径中，搜索某个系统命令的位置，并返回第一个搜索结果。使用 which 命令，就可以看到某个系统命令是否存在，以及执行的到底是哪一个位置的命令。

常用参数：

-n 　指定文件名长度，指定的长度必须大于或等于所有文件中最长的文件名。

实例：

（1）查看 ls 命令是否存在，执行哪个

which ls

（2）查看 which

which which

（3）查看 cd

which cd（显示不存在，因为 cd 是内建命令，而 which 查找显示是 PATH 中的命令）

查看当前 PATH 配置：

echo $PATH

或使用 env 查看所有环境变量及对应值

15、whereis 命令

whereis 命令只能用于程序名的搜索，而且只搜索二进制文件（参数-b）、man说明文件（参数-m）和源代码文件（参数-s）。如果省略参数，则返回所有信息。whereis 及 locate 都是基于系统内建的数据库进行搜索，因此效率很高，而find则是遍历硬盘查找文件。

常用参数：

-b 定位可执行文件。

-m 定位帮助文件。

-s 定位源代码文件。

-u 搜索默认路径下除可执行文件、源代码文件、帮助文件以外的其它文件。

实例：

（1）查找 locate 程序相关文件

whereis locate

（2）查找 locate 的源码文件

whereis -s locate

（3）查找 lcoate 的帮助文件

whereis -m locate

Linux文本操作常用命令

在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：

通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）

接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：

参数的用法介绍：

注意事项：

用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出

zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看

结合 管道符| 使用

head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。

less命令用得最多 ，more命令用得比较少

3.1 less命令

less [参数] 文件名

less命令重要的补充用法1 ：

需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键

less命令重要的补充用法2 ：

参数用法：

less命令 不加参数 查看文件：

less命令加 -N参数 查看文件：显示行号

less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整

对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n

3.2 more命令

**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好

查看压缩文件

wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。

常见参数:

切记：用less命令，按q退出

cut命令是按关键词来切的

常见参数:

排列前：

排列后：

解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。

命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。

uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。

uniq命令通常和sort命令搭配使用

换其它文件试试

总之，uniq命令使用时经常和sort一起

常见参数:

常见用法1：

paste file1 file2

-s :按行合并 演示

常见用法2 : paste - -

常见参数:

要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)

1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc

2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容

3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列

4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计

5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符

补充小知识 ：

清屏 ：control L

查看历史（输入过的）命令 ：history

新手必备的Linux操作命令

一、cd命令（切换目录 ）

（1）切换到目录 /usr/local

cd /usr/local

（2）去到目前的上层目录

cd ..

（3）回到自己的主文件夹

cd ~

二、ls命令（查看文件与目录）

（4）查看目录/usr下所有的文件

cd /usr ls -al

三、mkdir命令（新建新目录 ）

（5）进入/tmp目录，创建一个名为a的目录,并查看有多少目录存在

cd /tmp

mkdir a ls -al

（6）创建目录a1/a2/a3/a4

mkdir -p a1/a2/a3/a4

四、 rmdir命令（删除空的目录）

（7）将上例创建的目录a（/tmp下面）删除

rmdir a

（8）删除目录a1/a2/a3/a4，查看有多少目录存在

rmdir -p a1/a2/a3/a4

ls -al

五、cp命令（复制文件或目录 ）

（9）将主文件夹下的.bashrc复制到/usr下，命名为bashrc1

sudo cp ~/.bashrc /usr/bashrc1

（10）在/tmp下新建目录test，再复制这个目录内容到/usr

cd /tmp

mkdir test

sudo cp -r /tmp/test /usr

六、mv命令（移动文件与目录，或更名）

（11）将上例文件bashrc1移动到目录/usr/test

sudo mv /usr/bashrc1 /usr/test

（12）将上例test目录重命名为test2

sudo mv /usr/test /usr/test2

七、rm命令：移除文件或目录

（13）将上例复制的bashrc1文件删除

sudo rm /usr/test2/bashrc1

（14）将上例的test2目录删除

sudo rm -r /usr/test2

八、cat命令：查看文件内容

（15）查看主文件夹下的.bashrc文件内容

cat ~/.bashrc

九、tac命令：反向列示

（16）反向查看主文件夹下.bashrc文件内容

tac ~/.bashrc

十、more命令：一页一页翻动查看

（17）翻页查看主文件夹下.bashrc文件内容

more ~/.bashrc

十一、head命令：取出前面几行

（18）查看主文件夹下.bashrc文件内容前20行

head -n 20 ~/.bashrc

（19）查看主文件夹下.bashrc文件内容，后面50行不显示，只显示前面几行

head -n -50 ~/.bashrc

十二、tail命令：取出后面几行

（20）查看主文件夹下.bashrc文件内容最后20行

tail -n 20 ~/.bashrc

（21） 查看主文件夹下.bashrc文件内容，只列出50行以后的数据

tail -n +50 ~/.bashrc

十三、touch命令：修改文件时间或创建新文件

（22）在/tmp下创建一个空文件hello并查看时间

cd /tmp

touch hello ls -l hello

（23）修改hello文件，将日期调整为5天前

touch -d “5 days ago” hello

十四、chown命令：修改文件所有者权限

（24）将hello文件所有者改为root帐号，并查看属性

sudo chown root /tmp/hello

ls -l /tmp/hello

十五、find命令：文件查找

（25）找出主文件夹下文件名为.bashrc的文件

find ~ -name .bashrc

十六、tar命令：压缩命令

（26）在/目录下新建文件夹test,然后在/目录下打包成test.tar.gz

sudo mkdir /test

sudo tar -zcv -f /test.tar.gz test

（27）解压缩到/tmp目录

sudo tar -zxv -f /test.tar.gz -C /tmp

十七、grep命令：查找字符串

（28）从～/.bashrc文件中查找字符串'examples'

grep -n 'examples' ~/.bashrc

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