Linux文本操作常用命令

在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：

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通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）

接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：

参数的用法介绍：

注意事项：

用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出

zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看

结合 管道符| 使用

head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。

less命令用得最多 ，more命令用得比较少

3.1 less命令

less [参数] 文件名

less命令重要的补充用法1 ：

需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键

less命令重要的补充用法2 ：

参数用法：

less命令 不加参数 查看文件：

less命令加 -N参数 查看文件：显示行号

less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整

对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n

3.2 more命令

**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好

查看压缩文件

wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。

常见参数:

切记：用less命令，按q退出

cut命令是按关键词来切的

常见参数:

排列前：

排列后：

解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。

命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。

uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。

uniq命令通常和sort命令搭配使用

换其它文件试试

总之，uniq命令使用时经常和sort一起

常见参数:

常见用法1：

paste file1 file2

-s :按行合并 演示

常见用法2 : paste - -

常见参数:

要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)

1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc

2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容

3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列

4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计

5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符

补充小知识 ：

清屏 ：control L

查看历史（输入过的）命令 ：history

Linux命令行操作之sed

sed命令行格式：sed [options] 'command' file(s)

options常用选项：

-n或--quiet或——silent：仅显示script处理后的结果;

-e：以选项中的指定的script来处理输入的文本文件;

-f：以选项中指定的script文件来处理输入的文本文件;

-r∶sed 的动作支援的是延伸型正规表示法的语法;

-i∶直接修改读取的档案内容，而不是由萤幕输出;

-h或--help：显示帮助;

-V或--version：显示版本信息。

Command常用命令：

a：新增，a 的后面可以接字符串，而这些字符串会在新的一行出现(目前的下一行);

c：取代，c 的后面可以接字符串，这些字符串可以取代 n1.n2 之间的行;

d：删除，d 后面通常不接任何字符串;

i：插入，i 的后面可以接字符串，而这些字符串会在新的一行出现(目前的上一行);

p：列印，亦即将某个选择的资料印出。通常 p 会与参数 sed -n 一起运作;

s：取代，可以直接进行取代的工作，通常与正规表达式搭配使用。

实例说明：

新增操作：a命令

sed '/^bird/a\test' file将test追加到 以bird开头的行后面

删除操作：d命令

sed '/^$/d' file #删除空白行;

sed '2d' file #删除第二行;

sed '2.$d' file #删除第2行到最后一行;

sed '$d' file #删除最后一行;

sed '/^bird/'d file #删除所有开头是bird的行;

插入操作：i命令

sed -i '3i\bird ' bird.conf #在bird.conf文件第3行之前插入bird

替换文本中的字符串：s命令

sed 's/bird/birds/' file #将文本中的bird替换成birds;

sed -i 's/ bird / birds /g' file #将file文件中每一行的第一个bird替换为birds;

Linux如何使用正则表达式命令？文本文件操作命令

Linux对文本操作命令及正则表达式：

cat

cat 是 concatenate 的缩写，所以它的作用其实是连接文件。但默认情况下它会将连接文件的结果送到标准输出。所以我们常用来显示文件内容。类似于 dos 中的 type。

more

当一个文件的内容超过一屏后，我们可以用 more 这个指令来逐屏 察看 文件内容。

less

less 在 more 的基础上，更可以逐行 察看 ，前后翻页。

head

head 显示文件开头部分内容，默认显示前十行参数 --lines 或者 –n 指明显示行数基本格式：

tail

tail 显示文件结尾部分内容，命令用法同 head，参数 -f 显示文件的纪实更新，用于监视日志文件

tail 默认显示文件列表中每个文件的后 10 行，如果没有文件名或文件名为“-”则其从标准输入中读取文件，如果有多个文件则其会在文件前面加上“==文件名==”以便区别。

# tail /etc/mail/sendmail.mc 默认查看文件的后 10 行内容

# tail –n 20 /etc/passwd 查看文件后 20 行内容

注意： # tail –f /var/log/message 实时监控日志文件更新信息，非常重要

diff

diff 用于比较两个文件之间的区别，并送到标准输出。输出时先报告两个文件的哪一行不同。基本格式：

参数：

uniq 用于去除文本中相邻的重复行。

-u 参数可以只显示那些没有被重复过的行。 -d 显示有被重复过的行。

cut

cut 可以根据一个指定的标记（默认是 tab）来为文本划分列，然后将此列显示。使用权限：所有使用者

基本格式： cut -cnum1 -num2 filename

说明：显示每行从开头算起 num1 到 num2 的文字。

[root@uplooking root] $ cut –f1 –d: /etc/shadow 表示以 : 为分隔符，显示 /etc/shadow 的第一列 sort

sort 用来按各种需要重新排列文本，一般运用在一个管道之后。例如：

默认情况下 sort 按照字母顺序排列文本。

wc

wc 用来统计一个文件的行数、词数、字数并送到标准输出。也可以用-l（行数）、-w（词数）、-c（字数）来指定输出内容。

Linux下常用文本处理命令

Linux下常用文本处理命令大全

Linux下面有很多经典的非常有用的命令，其中处理文本的命令就有很多。下面就让我们一起看看这些经典的Linux文本处理命令有哪些吧。

一. sort

文件排序, 通常用在管道中当过滤器来使用. 这个命令可以依据指定的关键字或指定的字符位置, 对文件行进行排序. 使用-m选项, 它将会合并预排序的输入文件. 想了解这个命令的全部参数请参考这个命令的info页.

二. tsort

拓扑排序, 读取以空格分隔的有序对, 并且依靠输入模式进行排序.

三. uniq

这个过滤器将会删除一个已排序文件中的重复行. 这个命令经常出现在sort命令的管道后边.

四. expand, unexpand

expand命令将会把每个tab转化为一个空格. 这个命令经常用在管道中.

unexpand命令将会把每个空格转化为一个tab. 效果与expand命令相反.

五. cut

一个从文件中提取特定域的工具. 这个命令与awk中使用的print $N命令很相似, 但是更受限. 在脚本中使用cut命令会比使用awk命令来得容易一些. 最重要的选项就是-d(字段定界符)和-f(域分隔符)选项.

六. paste

将多个文件, 以每个文件一列的形式合并到一个文件中, 合并后文件中的每一列就是原来的一个文件. 与cut结合使用, 经常用于创建系统log文件.

七. join

这个命令与paste命令属于同类命令. 但是它能够完成某些特殊的目地. 这个强力工具能够以一种特殊的形式来合并两个文件, 这种特殊的形式本质上就是一个关联数据库的简单版本.

join命令只能够操作两个文件. 它可以将那些具有特定标记域(通常是一个数字标签)的行合并起来, 并且将结果输出到stdout. 被加入的文件应该事先根据标记域进行排序以便于能够正确的匹配.

八. head

把文件的头部内容打印到stdout上(默认为10行, 可以自己修改). 这个命令有一些比较有趣的选项.

九. tail

将一个文件结尾部分的内容输出到stdout中(默认为10行). 通常用来跟踪一个系统logfile的.修改情况, 如果使用-f选项的话, 这个命令将会继续显示添加到文件中的行.

十. wc

wc可以统计文件或I/O流中的”单词数量”:

十一. fold

将输入按照指定宽度进行折行. 这里有一个非常有用的选项-s, 这个选项可以使用空格进行断行(译者: 事实上只有外文才需要使用空格断行, 中文是不需要的)(请参考例子 12-23和例子 A-1).

十二. fmt

一个简单的文件格式器, 通常用在管道中, 将一个比较长的文本行输出进行”折行”.

十三. col

这个命令用来滤除标准输入的反向换行符号. 这个工具还可以将空白用等价的tab来替换. col工具最主要的应用还是从特定的文本处理工具中过滤输出, 比如groff和tbl. (译者: 主要用来将man页转化为文本.)

十四. column

列格式化工具. 通过在合适的位置插入tab, 这个过滤工具会将列类型的文本转化为”易于打印”的表格式进行输出.

十五. colrm

列删除过滤器. 这个工具将会从文件中删除指定的列(列中的字符串)并且写到文件中, 如果指定的列不存在, 那么就回到stdout. colrm 2 4 filename将会删除filename文件中每行的第2到第4列之间的所有字符. p="" /filename将会删除filename文件中每行的第2到第4列之间的所有字符.

Caution: 如果这个文件包含tab和不可打印字符, 那将会引起不可预期的行为. 在这种情况下, 应该通过管道的手段使用expand和unexpand来预处理colrm.

十六. nl

计算行号过滤器. nl filename将会把filename文件的所有内容都输出到stdout上, 但是会在每个非空行的前面加上连续的行号. 如果没有filename参数, 那么就操作stdin.

nl命令的输出与cat -n非常相似, 然而, 默认情况下nl不会列出空行.

十七. pr

格式化打印过滤器. 这个命令会将文件(或stdout)分页, 将它们分成合适的小块以便于硬拷贝打印或者在屏幕上浏览. 使用这个命令的不同的参数可以完成好多任务, 比如对行和列的操作, 加入行, 设置页边, 计算行号, 添加页眉, 合并文件等等. pr命令集合了许多命令的功能, 比如nl, paste, fold, column, 和expand.

pr -o 5 –width=65 fileZZZ | more 这个命令对fileZZZ进行了比较好的分页, 并且打印到屏幕上. 文件的缩进被设置为5, 总宽度设置为65.

一个非常有用的选项-d, 强制隔行打印(与sed -G效果相同).

十八. gettext

GNU gettext包是专门用来将程序的输出翻译或者本地化为不同国家语言的工具集. 在最开始的时候仅仅支持C语言, 现在已经支持了相当数量的其它程序语言和脚本语言.

想要查看gettext程序如何在shell脚本中使用. 请参考info页.

十九. msgfmt

一个产生二进制消息目录的程序. 这个命令主要用来本地化.

二十. iconv

一个可以将文件转化为不同编码格式(字符集)的工具. 这个命令主要用来本地化.

二十一. recode

可以认为这个命令是上边iconv命令的专业版本. 这个非常灵活的并可以把整个文件都转换为不同编码格式的工具并不是Linux标准安装的一部分.

二十二. TeX, gs

TeX和Postscript都是文本标记语言, 用来对打印和格式化的视频显示进行预拷贝.

TeX是Donald Knuth精心制作的排版系统. 通常情况下, 通过编写脚本的手段来把所有的选项和参数封装起来一起传到标记语言中是一件很方便的事情.

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