linux：文本处理系列-1.行截取

（自己）常用的文本文件的行处理命令

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示例文件：test.vcf

1、head -n 10 test.vcf

head : 默认是提取文件的前10行，-n 参数可以设定选择文件的前n行

2、tial -n 10 test.vcf

tail : 默认是提取文件的末尾10行， -n 参数可以设定选择文件末尾的n行

3、sed -n '10,20p' test.vcf

sed -n ： 随意选择需要查看的行

sed命令是一个面向行处理的编辑器，可以和正则表达式配合使用，附上较全面的sed命令使用教程。

4、awk 截取行的指定长度字符串

less test.gz |awk '{if(NR%2==1){print}else{print substr($1,1,75)}}' | gzip -c test.part.gz

说明：对test.gz文件指定行截取75bp，原来是150bp

5、对n行的第三列求和，求平均值

grep -v ‘#’ test.vcf |sed -n '20,35p' |awk -F '\t' '{sum+=$3;n++}END{print sum,sum/n}'

(linux 一行命令计算速度比Python快，简单计算喜欢用linux命令)

记得随时整理使用过的命令，没学过linux，靠着各种帖子，随时需要随时补给，有点懒。

linux 剪切命令

Linux下剪切命令是mv（move的缩写），可以用来移动文件或者将文件改名。

命令格式：

mv [选项] 源文件或目录 目标文件或目录

命令参数：

-b ：若需覆盖文件，则覆盖前先行备份；

-f ：force 强制的意思，如果目标文件已经存在，不会询问而直接覆盖；

-i ：若目标文件 (destination) 已经存在时，就会询问是否覆盖；

-u ：若目标文件已经存在，且 source 比较新，才会更新(update)。

命令实例：

将文件log1.txt，log2.txt，log3.txt剪切到目录test3中

mv log1.txt log2.txt log3.txt test3

[root@localhost test]# cd test3/

[root@localhost test3]# ll

总计 16

-rw-r--r-- 1 root root 8 10-28 06:15 log1.txt

-rw-r--r-- 1 root root 12 10-28 06:15 log2.txt

-rw-r--r-- 1 root root 13 10-28 06:16 log3.txt

-rw-r--r-- 1 root root 29 10-28 06:05 test1.txt

Linux如何使用cut命令截取文件信息

一、作用

cut命令是一个选取命令，其功能是将文件中的每一行”字节” ”字符” ”字段” 进行剪切，选取我们需要的，并将这些选取好的数据输出至标准输出

二、格式

cut -[n]b file

cut -c file

cut -d[分隔符] -f[域] file

三、参数解释

-b(bytes) ：以字节为单位进行分割。这些字节位置将忽略多字节字符边界，除非也指定了 -n 标志。

-c(characters) ：以字符为单位进行分割。

-d ：自定义分隔符，默认为制表符。

-f(filed) ：与-d一起使用，指定显示哪个区域。

-n ：取消分割多字节字符。仅和 -b 标志一起使用。如果字符的最后一个字节落在由 -b 标志的 List 参数指示的

范围之内，该字符将被写出；否则，该字符将被排除。

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